Inferring genetic regulatory networks of the inflammatory bowel disease in human peripheral blood mononuclear cells

Kim, Jin-Ki; Lee, Do-Heon; Yi, Gwan-Su

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자료유형: 학술저널

저자정보: Kim, Jin-Ki (School of Engineering, Information and Communication University) Lee, Do-Heon (Department of Bio and Brain Engineering, KAIST) Yi, Gwan-Su (School of Engineering, Information and Communication University)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 Bioinformatics and Biosystems Bioinformatics and Biosystems 제2권 제2호

발행연도: 2007.1

수록면: 71 - 74 (4page)

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Cell phenotypes are determined by groups of functionally related genes. Microarray profiling of gene expression provides us response of cellular state to its perturbation. Several methods for uncovering a cellular network show reliable network reconstruction. In this study, we present reconstruction of genetic regulatory network of inflammation bowel disease in human peripheral blood mononuclear cell. The microarray based on Affymetrix Gene Chip Human Genome U133 Array Set HG-U133A is processed and applied network reconstruction algorithm, ARACNe. As a result, we will show that inferred network composed of 450 nodes and 2017 edges is roughly scale-free network and hierarchical organization. The major hub, CCNL2 (cyclin A2), in inferred network is shown to be associated with inflammatory function as well as apoptotic function.

#Gene regulatory network #Microarray #ARACNe #Inflammation bowel disease

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Kim, Jin-Ki

소속기관 School of Engineering, Information and Communication University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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Lee, Do-Heon

소속기관 Department of Bio and Brain Engineering, KAIST

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 16 이용수 51

Yi, Gwan-Su

소속기관 Computational Systems Biology Laboratory, Information and Communication University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 3 이용수 0

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