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자료유형
학술저널
저자정보
Melka, Hailu Dadi (Department of Animal Science, Chungbuk National University) Jeon, Eun-Kyeong (Department of Animal Science, Chungbuk National University) Kim, Sang-Wook (Department of Animal Science, Chungbuk National University) Han, James-Bond (Department of Animal Science, Chungbuk National University) Yoon, Du-Hak (Department of Animal Science, Kyungbook National University) Kim, Kwan-Suk (Department of Animal Science, Chungbuk National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제9권 제2호
발행연도
2011.1
수록면
69 - 73 (5page)

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The use of genomic information in genomic selection programs for dairy and beef cattle breeds has become a reality in recent years. In this investigation, we analyzed single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for Hanwoo (n=50) and Holstein (n=50) breeds using the Illumina Bovine SNP50 BeadChip to facilitate genomic selection and utilization of the Hanwoo breed in Korea. Analysis of the entire genomes showed different spectra of SNP frequencies for Hanwoo and Holstein cattle. The study revealed a highly significant (p<0.001) difference between Hanwoo and Holstein cattle in minor allele frequency (MAF). The average MAFs were $0.19{\pm}0.16$ and $0.22{\pm}0.16$ for Hanwoo and Holstein, respectively. From the total of 52,337 SNPs that were successfully identified, about 72% and 79% were polymorphic in Hanwoos and Holsteins, respectively. Polymorphic and fixed SNPs were not distributed uniformly across the chromosomes within breeds or between the two breeds. The number of fixed SNPs on all chromosomes was higher in Hanwoo cattle, reflecting the genetic uniqueness of the Hanwoo breed. In general, the rate of polymorphisms detected in these two breeds suggests that the SNPs can be used for different applications, such as whole-genome association and comparative genetic studies, and are a helpful tool in developing breed identification genetic markers.
#Hanwoo #Holstein #genome #SNP frequency #rate of polymorphism

목차

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참고문헌 (16)

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M. Alam / 2011 / A Whole Genome Association Study to Detect Single Nucleotide Polymorphisms for Body Conformation Traits in a Hanwoo Population / ASIAN-AUSTRALASIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCES 24(3):322~329 google schola Avise, J.C / 2004 / Molecular markers, natural history, and evolution / Sinauer Associates, Inc google schola Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium / 200904 / The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution / SCIENCE 324(5926):522~528 google schola 제임스이워맥 / 200904 / Genome-Wide Survey of SNP Variation Uncovers the Genetic Structure of Cattle Breeds / SCIENCE 324(5926):528~532 google schola Broeckel, U / 2006 / Single nucleotide polymorphism. Testing DNA variation for disease association. In Molecular diagnostics: For the Clinical Laboratorian / Humana Press :111~120 google schola

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