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자료유형
학술저널
저자정보
Jung, Sunghoon (Molecular Recognition Research Center, Korea Institute of Science and Technology) Bae, Se-Eun (Laboratory of Computational Biology and Bioinformatics, Graduate School of Public Health, Seoul National University) Ahn, Insung (Bioinformatics Team, Supercomputing Center, Korea Institute of Science and Technology Information) Son, Hyeon S. (Laboratory of Computational Biology and Bioinformatics, Graduate School of Public Health, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제11권 제3호
발행연도
2013.1
수록면
155 - 160 (6page)

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Structural information has been a major concern for biological and pharmaceutical studies for its intimate relationship to the function of a protein. Three-dimensional representation of the positions of protein atoms is utilized among many structural information repositories that have been published. The reliability of the torsional system, which represents the native processes of structural change in the structural analysis, was partially proven with previous structural alignment studies. Here, a web server providing structural information and analysis based on the backbone torsional representation of a protein structure is newly introduced. The web server offers functions of secondary structure database search, secondary structure calculation, and pair-wise protein structure comparison, based on a backbone torsion angle representation system. Application of the implementation in pair-wise structural alignment showed highly accurate results. The information derived from this web server might be further utilized in the field of ab initio protein structure modeling or protein homology-related analyses.
#backbone torsion angle #protein database #secondary protein structure #structure alignment

목차

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참고문헌 (7)

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Jung S / 2011 / Validity of protein structure alignment method based on backbone torsion angles / J Proteomics Bioinform 4:218~226 google schola 정성훈 / 2011 / Analysis of the Globular Nature of Proteins / Genomics & Informatics 9(2):74~78 google schola Karpen ME / 1989 / Comparing short protein substructures by a method based on backbone torsion angles / Proteins 6:155~167 google schola Zhang Y / 2005 / TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score / Nucleic Acids Res 33:2302~2309 google schola Brenner SE / 2000 / The ASTRAL compendium for protein structure and sequence analysis / Nucleic Acids Res 28:254~256 google schola

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