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학술저널
저자정보
Edea, Zewdu (International Livestock Research Institute [ILRI]) Dadi, Hailu (Department of Animal Biotechnology, College of Animal Bioscience and Technology, Konkuk University) Kim, Sang-Wook (Chungbuk National University) Dessie, Tadelle (International Livestock Research Institute [ILRI]) Kim, Kwan-Suk (Chungbuk National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제10권 제3호
발행연도
2012.1
수록면
200 - 205 (6page)

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Although a large number of single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been identified from the bovine genome-sequencing project, few of these have been validated at large in Bos indicus breeds. We have genotyped 192 animals, representing 5 cattle populations of Ethiopia, with the Illumina Bovine 8K SNP BeadChip. These include 1 Sanga (Danakil), 3 zebu (Borana, Arsi and Ambo), and 1 zebu ${\times}$ Sanga intermediate (Horro) breeds. The Hanwoo (Bos taurus) was included for comparison purposes. Analysis of 7,045 SNP markers revealed that the mean minor allele frequency (MAF) was 0.23, 0.22, 0.21, 0.21, 0.23, and 0.29 for Ambo, Arsi, Borana, Danakil, Horro, and Hanwoo, respectively. Significant differences of MAF were observed between the indigenous Ethiopian cattle populations and Hanwoo breed (p < 0.001). Across the Ethiopian cattle populations, a common variant MAF (${\geq}0.10$ and ${\leq}0.5$) accounted for an overall estimated 73.79% of the 7,045 SNPs. The Hanwoo displayed a higher proportion of common variant SNPs (90%). Investigation within Ethiopian cattle populations showed that on average, 16.64% of the markers were monomorphic, but in the Hanwoo breed, only 6% of the markers were monomorphic. Across the sampled Ethiopian cattle populations, the mean observed and expected heterozygosities were 0.314 and 0.313, respectively. The level of SNP variation identified in this particular study highlights that these markers can be potentially used for genetic studies in African cattle breeds.
#Ethiopian cattle #Hanwoo cattle #minor allele frequency #SNP variation

목차

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참고문헌 (14)

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Dadi H / 2008 / Microsatellite analysis reveals high genetic diversity but low genetic structure in Ethiopian indigenous cattle populations / Anim Genet 39:425~431 google schola Li MH / 2007 / Reduced genetic structure of north Ethiopian cattle revealed by Y-chromosome analysis / Heredity 98:214~221 google schola McKay SD / 2008 / An assessment of population structure in eight breeds of cattle using a whole genome SNP panel / BMC Genet 9:37 google schola Williams JL / 2009 / Discovery, characterization and validation of single nucleotide polymorphisms within 206 bovine genes that may be considered as candidate genes for beef production and quality / Anim Genet 40:486~491 google schola Kijas JW / 2009 / A genome wide survey of SNP variation reveals the genetic structure of sheep breeds / PLoS One 4:4668 google schola

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