A Visualization Tool for Computational Analysis of DNA Methylation Level Using Bisulfite Sequencing Data

Tae, Hong-Seok

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자료유형: 학술저널

저자정보: Tae, Hong-Seok (Virginia Bioinformatics Institute, The Center for Genomics and Bioinformatics, Indiana University)

저널정보: 한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제9권 제3호

발행연도: 2011.1

수록면: 136 - 137 (2page)

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Methylation of cytosine is a post-synthesis modification that does not affect the primary DNA sequence but greatly influences gene expression level and phenotypes of an organism. As high-throughput sequencing of bisulfite-treated DNA is the most efficient method to identify methylated sites, several tools to map sequencing reads on a reference are available. But tools to visualize and to interpret the methylation level of methylation sites are currently insufficient. Herein, we present a novel tool to visualize the methylation level of CpG sites.

#visualization #DNA methylation #bisulfite sequencing #epigenetics #MethylDraw

참고문헌 (8)

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Bird, A / 2007 / Perceptions of epigenetics / Nature 447:396~398

Bock, C. / 2005 / BiQ Analyzer: visualization and quality control for DNA methylation data from bisulfite sequencing / Bioinformatics 21:4067~4068

Cokus, S.J / 2008 / Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning / Nature 452:215~219

Esteller, M. / 2001 / A gene hypermethylation profile of human cancer / Cancer Res 61:3225~3229

Grunau, C. / 2000 / MethTools--a toolbox to visualize and analyze DNA methylation data / Nucleic Acids Res 28:1053~1058

이 논문의 저자 정보

Tae, Hong-Seok

소속기관 Virginia Bioinformatics Institute, The Center for Genomics and Bioinformatics, Indiana University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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