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Lee, Young-Sup (Department of Natural Science, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University) Kim, Hyeon-Jeong (C&K Genomics) Cho, Seoae (C&K Genomics) Kim, Heebal (Department of Natural Science, Interdisciplinary Program in Bioinformatics, Seoul National University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제12권 제4호
발행연도
2014.1
수록면
254 - 260 (7page)

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Best linear unbiased prediction (BLUP) has been used to estimate the fixed effects and random effects of complex traits. Traditionally, genomic relationship matrix-based (GRM) and random marker-based BLUP analyses are prevalent to estimate the genetic values of complex traits. We used three methods: GRM-based prediction (G-BLUP), random marker-based prediction using an identity matrix (so-called single-nucleotide polymorphism [SNP]-BLUP), and SNP-SNP variance-covariance matrix (so-called SNP-GBLUP). We used 35,675 SNPs and R package "rrBLUP" for the BLUP analysis. The SNP-SNP relationship matrix was calculated using the GRM and Sherman-Morrison-Woodbury lemma. The SNP-GBLUP result was very similar to G-BLUP in the prediction of genetic values. However, there were many discrepancies between SNP-BLUP and the other two BLUPs. SNP-GBLUP has the merit to be able to predict genetic values through SNP effects.

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