On the continuum formulation for modeling DNA loop formation

Teng, Hailong; Lee, Chung-Hao; Chen, Jiun-Shyan

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자료유형: 학술저널

저자정보: Teng, Hailong (Civil & Environmental Engineering Department, University of California, Los Angeles [UCLA]) Lee, Chung-Hao (Civil & Environmental Engineering Department, University of California, Los Angeles [UCLA]) Chen, Jiun-Shyan (Civil & Environmental Engineering Department, University of California, Los Angeles [UCLA])

저널정보: 테크노프레스 Interaction and multiscale mechanics Interaction and multiscale mechanics 제4권 제3호

발행연도: 2011.1

수록면: 219 - 237 (19page)

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Recent advances in scientific computing enable the full atomistic simulation of DNA molecules. However, there exists length and time scale limitations in molecular dynamics (MD) simulation for large DNA molecules. In this work, a two-level homogenization of DNA molecules is proposed. A wavelet projection method is first introduced to form a coarse-grained DNA molecule represented with superatoms. The coarsened MD model offers a simplified molecular structure for the continuum description of DNA molecules. The coarsened DNA molecular structure is then homogenized into a three-dimensional beam with embedded molecular properties. The methods to determine the elasticity constants in the continuum model are also presented. The proposed continuum model is adopted for the study of mechanical behavior of DNA loop.

#multiscale homogenization #wavelet projection method #coarse-graining #DNA molecules #molecular dynamics

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이 논문의 저자 정보

Teng, Hailong

소속기관 Civil & Environmental Engineering Department, University of California, Los Angeles [UCLA]

주요연구분야 공학 > 기타공학 > 기타 공학

논문수 1 이용수 0

Lee, Chung-Hao

소속기관 Institute for Computational Engineering and Sciences [ICES],University of Texas at Austin

주요연구분야 공학 > 기타공학 > 기타 공학

논문수 2 이용수 1

Chen, Jiun-Shyan

소속기관 Department of Structural Engineering, University of California, San Diego [UCSD]

주요연구분야 공학 > 기타공학 > 기타 공학

논문수 5 이용수 2

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