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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
Kim, Jongbum (Department of Bioinformatics and Life Science, Soongsil University) Kim, Sangsoo (Department of Bioinformatics and Life Science, Soongsil University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제12권 제4호
발행연도
2014.1
수록면
171 - 180 (10page)

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Aberrant DNA methylation, as an epigenetic marker of cancer, influences tumor development and progression. We downloaded publicly available DNA methylation and gene expression datasets of matched cancer and normal pairs from the Cancer Genome Atlas Data Portal and performed a systematic computational analysis. This study has three aims to screen genes that show hypermethylation and downregulated patterns in colorectal cancers, to identify differentially methylated regions in one of these genes, SFRP1, and to test whether the SFRP genes affect survival or not. Our results show that 31 hypermethylated genes had a negative correlation with gene expression. Among them, SFRP1 had a differentially methylated pattern at each methylation site. We also show that SFRP1 may be a potential biomarker for colorectal cancer survival.
#colorectal cancer #DNA Methylation #frizzled related protein-1 #survival analysis

목차

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ENCODE Project Consortium / 2007 / Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project / Nature 447:799~816 google schola Esteller M / 2008 / Epigenetics in cancer / N Engl J Med 358:1148~1159 google schola Bird AP / 1986 / CpG-rich islands and the function of DNA methylation / Nature 321:209~213 google schola Berdasco M / 2010 / Aberrant epigenetic landscape in cancer:how cellular identity goes awry / Dev Cell 19:698~711 google schola Foster SA / 1998 / Inactivation of p16 in human mammary epithelial cells by CpG island methylation / Mol Cell Biol 18:1793~1801 google schola

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