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의료정보 보안에 대한 대안은 무엇보다 의료정보의 안전한 보존과 각종의 보안 위협으로부터 안전성을 강구하는 소프트웨어 설계로부터 시작되어야 한다. 의료정보시스템은 산재된 의료정보를 실시간으로 통합할 수 있어야 하고 의료정보의 교환은 신뢰할 수 있는 데이터 통신이어야 한다. 의료정보시스템의 소프트웨어 아키텍처 설계는 의료정보 공유상 보안 문제를 파악하고 의사소통을 통해 사용자 요구사항을 파악하여 소프트웨어 설계에 반영한다. 소프트웨어 프레임워크 설계, 메시지 표준 설계, 웹기반 프로세스간 통신절차 설계, 접근제어 알고리즘 설계, 아키텍처 기술서 작성, 아키텍처 평가의 제반 절차를 정립한다. 소프트웨어 아키텍처 초기 결정은 설계, 개발, 테스트, 유지보수에 지속적인 영향을 미친다. 또한 프로젝트상의 세부적 의사결정 근거가 된다. 의료정보보안 기반 소프트웨어 아키텍처 설계방법은 오늘날 중요한 과제가 되고 있는 의료정보 보안의 기본틀을 제공할 수 있을 것이다.
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