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본 연구에서는 RT-nested PCR을 수행하여 부산 도심의 하천 중 동천에 존재하는 노로바이러스를 검출하고자 하였다. 기존에 보고되어진 노로바이러스의 capsid protein의 염기서열을 비교하여 노로바이러스 genogroup I,II (GI,II) 를 검출하기 위한 새로운 degenerated primer sets (PNK, KGIF/KGIR and KG2F/KG2R) 를 제작하였으며, 채수한 동천 시료를 초고속원심분리기를 통해 농축 후 물 속에 존재하는 노로바이러스의 검출을 시도하였다. 노로바이러스를 검출하기 위해 PCR primer를 비교한 결과 본 연구에서 제작한 capsid protein gene을 target으로 하는 primer set가 기존에 보고되어 있는 primer set보다 동일 시료에 대한 검출빈도가 우수하였다. 동천에 존재하는 노로바이러스의 오염 수준은 GI과 GII가 각각 76.47% (13/17), 70.59% (12/17) 로 나타났다. 그러나 기존에 알려진 primer와 본 연구에서 제작한 primer를 사용하였을 때 검출된 양성비율이 차이가 나지 않았다. 검출된 노로바이러스를 염기서열 비교를 통한 계통 발생학적 분석 결과, 동천에서 검출된 GI의 경우 1/2/4/5/9/10의 genotype이 GII의 경우 3/4/5/11/13의 genotype으로 분류되었다. 그리고 본 연구에서 검출된 major type 중 GII/4의 경우, 최근 아시아 각국에서 많은 문제를 일으키고 있는 major genotype으로 알려져 노로바이러스에 대한 위험성을 제고하게 하였다. 또한, 이러한 결과는 국내의 강, 호수, 하천 등이 비슷한 노로바이러스의 GI,II의 genotype으로 오염되어 있음을 암시하며 수계환경 중 미생물의 질을 개선하기 위한 지속적인 노로바이러스의 모니터링이 요구된다.
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참고문헌 (29)
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Abbaszadegan, M / 1993 / Detection of enteroviruses in groundwater with the PCR / Applied and Environmental Microbiology 59:1318~1324
Anderson, A.D / 2001 / Outbreak Investigation Team. Multistate Outbreak of Norwalk-like Virus Gastroenteritis Associated with a Common Caterer / American journal of epidemiology 154:1013~1019
Ando, T / 2000 / Genetic classification of “orwalk-like viruses” / Journal of Infectious Diseases 181:S336~S348
Atmar, R.L / 2005 / Detection of Norwalk virus and hepatitis A viruses in shellfish tissues with the PCR / Applied and Environmental Microbiology 61:3014~30189
Belliot, G / 2003 / In vitro proteolytic processing of the MD145 norovirus ORF1 nonstructural polyprotein yields stable precursors and products similar to those detected in Calicivirus-infected cells / Journal of Virology 77:10957~10974
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