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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- 한국응용생명화학회 Journal of applied biological chemistry Journal of applied biological chemistry 제56권 제2호
- 발행연도
- 2013.1
- 수록면
- 95 - 100 (6page)
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현재 토양 생태에서 토양미생물은 유기물 분해, 질소 순환, 식물의 질소 이용 등 중요한 역할을 하고 있어, 토양 내 미생물 다양성을 분석하기 위한 연구는 지속적으로 진행되어 오고 있다. 본 연구에서는 논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 DNA를 분리하기 위하여 lysis buffer method, skim milk bead method, sodium phosphate buffer method, Epicentre SoilMaster DNA extraction kit (Epicentre, USA), Mo Bio PowerSoil kit (Mo Bio, USA)를 이용하여 토양 내 gDNA 최적 추출방법을 확인하였다. 그 결과 Mo Bio PowerSoil kit를 사용하였을 때 Shannon 다양성지수가 세균 3.3870, 진균 3.6254으로 미생물 다양성 분석시에 가장 효과적이었다. DGGE 분석을 위한 조건은 세균의 경우 6% polyacylamide gel, 45-60% denaturing gradient였고, 진균의 경우 6% polyacrylamide gel, 45-80% denaturing gradient에서 최적 분석조건을 보였다. 위의 분석법을 적용하여 논 토양내의 미생물 군집의 변화를 살펴보면 시간의 변화 요인에 의해 미생물 변화가 일어나는 것을 알 수 있었다. 본 연구에서 사용된 DGGE 분석법을 통해 논토양 미생물의 분석 가능성을 제시 할 수 있었다.
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참고문헌 (21)
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Araya R / 2003 / Bacterial activity and community composition in stream water and biofilm from an urban river determined by fluorescent in situ hybridization and DGGE analysis / FEMS Microbiol Ecol 43:111~119
Boon N / 2002 / Evaluation of nested PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) with groupspecific 16S rRNA primers for the analysis of bacterial communities from different wastewater treatment plants / FEMS Microbiol Ecol 39:101~112
Ercolini D / 2004 / PCR-DGGE fingerprinting: novel strategies for detection of microbes in food / J Microbiol Methods 56:297~314
Grosskopf R / 1998 / Diversity and structure of the methanogenic community in anoxic rice paddy soil microcosms as examined by cultivation and direct 16S rRNA gene sequence retrieval / Appl Environ Microbiol 64:960~969
Hawksworth DL / 2001 / The magnitude of fungal diversity: the 1.5 million species estimate revisited / Mycol Res 105:1422~1432
Boon N / 2002 / Evaluation of nested PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) with groupspecific 16S rRNA primers for the analysis of bacterial communities from different wastewater treatment plants / FEMS Microbiol Ecol 39:101~112
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Grosskopf R / 1998 / Diversity and structure of the methanogenic community in anoxic rice paddy soil microcosms as examined by cultivation and direct 16S rRNA gene sequence retrieval / Appl Environ Microbiol 64:960~969
Hawksworth DL / 2001 / The magnitude of fungal diversity: the 1.5 million species estimate revisited / Mycol Res 105:1422~1432
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