Binding Studies of Erythromycin A and its Analogues using Molecular Docking Technique

Kamarulzaman, Ezatul Ezleen; Mordi, Mohd Nizam; Mansur, Shariff Mahsufi; Wahab, Habibah

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자료유형: 학술대회자료

저자정보: Kamarulzaman, Ezatul Ezleen (Center for Drug Research, University Saina Malaysia, Laboratory of Biocrystallography and Structural Bioinformatics, University Sains Malaysia) Mordi, Mohd Nizam (Center for Drug Research, University Saina Malaysia) Mansur, Shariff Mahsufi (Center for Drug Research, University Saina Malaysia) Wahab, Habibah (Laboratory of Biocrystallography and Structural Bioinformatics, University Sains Malaysia, School of Pharmaceutical Sciences, University Sains Malaysia)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 한국생물정보시스템생물학회 학술대회 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005

발행연도: 2005.1

수록면: 35 - 40 (6page)

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Interaction of twelve erythromycin A analogues with 50S ribosomal subunit were studied employing AutoDock 3.0.5. Results showed that all active macrolides bound at the same binding site with erythromycin A in contrast to the inactive analogues which bound at location slightly different than erythromycin A. The binding site showed consistency with the X-ray data from the perspectives of hydrogen bonding and hydrophobic interactions formed by erythromycins, roxithromycin, azithromycin, cethromycin and telithromycin with the ribosome. The inactive derivatives of erythromycin A anhydride showed higher binding free energy, while 5-desosaminyl erythronolides A and B even though having quiet similar values of binding free energy with the active analogues, docked at binding sites which are quiet different than the active analogues. These results suggest the molecular docking technique can be used in predicting the binding of erythromycin A analogues to their ribosomal target.

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Kamarulzaman, Ezatul Ezleen

소속기관 Center for Drug Research, University Saina Malaysia, Laboratory of Biocrystallography and Structural

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 1

Mordi, Mohd Nizam

소속기관 Center for Drug Research, University Saina Malaysia

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Mansur, Shariff Mahsufi

소속기관 Center for Drug Research, University Saina Malaysia

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Wahab, Habibah

소속기관 Laboratory of Biocrystallography and Structural Bioinformatics, University Sains Malaysia, School of

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