Splice Site Detection Using a Combination of Markov Model and Neural Network

M Abdul Baten, A.K.; Halgamuge, Saman K.; Wickramarachchi, Nalin; Rajapakse, Jagath C.

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자료유형: 학술대회자료

저자정보: M Abdul Baten, A.K. (Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering The University of Melbourne) Halgamuge, Saman K. (Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering The University of Melbourne) Wickramarachchi, Nalin (Department of Electrical Engineering University of Moratuwa) Rajapakse, Jagath C. (Bioinformatics Research Centre, School of Computer Engineering Nanyang Technological University)

저널정보: 한국생물정보시스템생물학회 한국생물정보시스템생물학회 학술대회 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005

발행연도: 2005.1

수록면: 167 - 172 (6page)

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This paper introduces a method which improves the performance of the identification of splice sites in the genomic DNA sequence of eukaryotes. This method combines a low order Markov model in series with a neural network for the predictions of splice sites. The lower order Markov model incorporates the biological knowledge surrounding the splice sites as probabilistic parameters. The Neural network takes the Markov encoded parameters as the inputs and produces the prediction. Two types of neural networks are used for the comparison. This method reduces the computational complexity and shows encouraging accuracy in the predictions of splice sites when applied to several standard splice site dataset.

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M Abdul Baten, A.K.

소속기관 Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering The University o

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 1

Halgamuge, Saman K.

소속기관 Mechatronics Research Group, Department of Mechanical and Manufacturing Engineering, The University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 2 이용수 1

Wickramarachchi, Nalin

소속기관 Department of Electrical Engineering University of Moratuwa

주요연구분야 자연과학 > 생물학

논문수 1 이용수 1

Rajapakse, Jagath C.

소속기관 Bioinformatics Research Centre, School of Computer Engineering Nanyang Technological University

주요연구분야 자연과학 > 생물학

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