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우리나라의 온실가스 배출량은 증가하고 있으며, 교통부문에서 배출되는 온실가스는 전체 배출량의 상당 부분을 차지하고 있다. 하지만 우리나라는 OECD 국가들 중 경차의 비율이 가장 낮고 석유 중심의 에너지 구조를 가지고 있으므로 교통부문의 구조개편에 어려움이 있다. 또한 자동차에 대한 과세는 배기량을 기준으로 하고 있어 대기오염이나 기후변화에 따른 사회적 비용을 반영하지 못하고 있으며, 조세체계가 복잡한 점은 문제로 제기되어 왔다. 대기환경보전법에서는 제작차 및 운행차에 대해 배출허용기준을 설정하고 자동차 제작자에게 연비나 이산화탄소 배출량을 준수하도록 의무지우는 등 명령·규제적 수단을 두는 한편 저공해차와 환경친화적 자동차의 구매시에 보조금을 지급하고 혼잡통행료나 주차료를 감면하는 등의 경제적 유인수단을 활용하고 있다. 이에 자동차를 운행하는 자는 오염원인자로서 자동차로 인한 오염물질 배출에 대해 책임을 져야 하며, 책임의 공정한 배분을 위해서는 중량, 연비, 운행거리와 같이 배출에 영향을 미치는 요소를 고려하되 다른 요소를 최소화해야 한다.
이러한 상황에서 이산화탄소를 많이 배출하는 차량을 구매할 때 부담금을 부과하고, 이산화탄소를 적게 배출하는 차량을 구매할 때에는 보조금을 지급하는 저탄소차 협력금의 도입이 논의되고 있다. 저탄소차 협력금이 과도한 규제이고 한·미 자유무역협정 위반이라는 주장이 있지만, 자동차의 취득, 보유, 주행에 부과되는 조세와는 성격이 다를뿐만 아니라 대기환경보전법과 에너지이용합리화법상 연비와 온실가스 배출허용기준의 준수의무는 자동차 제작자에게 부과된다는 점에서 이중규제에 해당하지 않는다. 또한 한·미 자유무역협정에서는 차량 배기량에 기초한 새로운 조세를 채택하거나 기존의 조세를 수정할 수 없다고 규정하고 있으나, 저탄소차 협력금은 차종간 세율 확대를 목적으로 하지 않고, 세금이 아닌 부담금이며, 제조사가 아닌 소비자에게 부과하므로 협정 위반으로 볼 수 없다. 더욱이 일회성 부담금은 실효성이 부족하며 실제로 온실가스는 자동차의 운행과정에서 배출되므로, 보유나 주행에 따른 자동차 관련 세제를 개편하고 저탄소차에 대한 지원을 재정비하는 방안이 더욱 바람직하다.
우선 보유에 대한 자동차세는 배기량과 차령에 더해 이산화탄소 배출량을 기준으로 부과하고, 영업용 차량과 비영업용 차량 사이의 세액을 조정하여야 한다. 또한 보유년도나 관리정도에 따라 연비나 CO2 배출량이 변동될 수 있으므로, 자동차 검사시에 측정하여 세금과 부담금을 조정하는 방안도 모색할 수 있다. CO2 배출량을 기준으로 보유에 대한 자동차세를 부과할 경우에는 새로 등록한 차량에 한해 적용하고, 이미 차량을 소유하고 있는 자의 조기폐차나 저공해장치 부착 등 배출 저감을 위한 행위를 하도록 유도해야 한다. 또한 저탄소차 협력금과 같은 일회성 부담금보다는 혼잡통행료 면제와 같이 실질적인 혜택을 주는 것이 더 효과적이며, 경차에 한정하고 있는 연료에 대한 개별소비세 감면과 고속도로 통행료 감면을 저탄소차로 확대할 필요가 있다.
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