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저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제22권 제3호
발행연도
2012.1
수록면
360 - 370 (11page)

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Current ecological knowledge of methanotrophic biofilms is incomplete, although they have been broadly studied in biotechnological processes. Four individual DNA samples were prepared from a methanotrophic biofilm, and a multiplex 16S rDNA pyrosequencing was performed. A complete library (before being de-multiplexed) contained 33,639 sequences (average length, 415 nt). Interestingly,methanotrophs were not dominant, only making up 23%of the community. Methylosinus, Methylomonas, and Methylosarcina were the dominant methanotrophs. Type II methanotrophs were more abundant than type I (56 vs. 44%),but less richer and diverse. Dominant non-methanotrophic genera included Hydrogenophaga, Flavobacterium, and Hyphomicrobium. The library was de-multiplexed into four libraries, with different sequencing efforts (3,915 -20,133 sequences). Sørrenson abundance similarity results showed that the four libraries were almost identical (indices > 0.97), and phylogenetic comparisons using UniFrac test and P-test revealed the same results. It was demonstrated that the pyrosequencing was highly reproducible. These survey results can provide an insight into the management and/or manipulation of methanotrophic biofilms.
#Pyrosequencing #community analysis #methanotrophs #biofilm #quantitative real-time PCR

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Blumel, S. / 1998 / Isolation of a bacterial strain with the ability to utilize thesulfonated azo compound 4-carboxy-4'-sulfoazobenzene as thesole source of carbon and energy google schola Bodrossy, L. / 2003 / Development and validation of a diagnostic microbial microarray for methanotrophs / Environ. Microbiol 5 : 566 ~ 582 google schola Chao, A. / 2005 / A new statistical approach for assessing similarity of species composition with incidence and abundance data / Ecol. Lett 8 : 148 ~ 159 google schola Chao, A. / 2006 / Abundance-based similarity indices and their estimation when there are unseen species in samples / Biometrics 62 : 361 ~ 371 google schola Chun, J. / 2007 / EzTaxon: A web-based tool for the identification of prokaryotes based on 16S ribosomal RNA gene sequences / International Journal of Systematic and Evolutio google schola

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