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Twenty-three cultures of harmful algal bloom (HAB)-causing dinoflagellates were isolated from the coastal watersof Korea. For each of the 14 morphospecies, the nuclearencodedsmall subunit (SSU) rDNA was analyzed to determinethe phylogenetic relatedness of the species. Despite temporaland spatial isolation, 3-4 clonal cultures of Alexandrium catenella,Cochlodinium polykrikoides, and Gymnodinium catenatum had100% identical SSU rDNA sequences. In contrast, heterogeneitiesin the SSU rDNA sequences were observed in Akashiwosanguinea and Lingulodinium polyedrum strains. Extremesequence polymorphism was shown within the SSU rRNAgenes of an Al. tamarense clonal culture. A homology searchin GenBank revealed that 11 dinoflagellate species were locatedin clusters corresponding to their morphological classification.The SSU rDNA sequences of C. polykrikoides, Gyrodiniuminstriatum, and Pheopolykrikos hartmannii, which were determinedfor the first time in this study, showed the following phylogeneticrelationships: C. polykrikoides formed an independent branchseparated from other dinoflagellates; Gyr. instriatum was placed ina monophyletic group with Gyr. dorsum and Gyr. uncatenum andPh. hartmanii, which forms a distinct two-celled pseudocolony,belonged to Gymnodinium sensu Hansen and Moestrup.

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