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조선은 개국 후 정국이 어느 정도 안정되자 醫學 등 실용적 지식의 수집·정리와 보급에 노력하였다. 이와 같은 시대적 상황과 요구에 의해 지식의 총화인 類書에는 의학에 대한 지식이 상당수 수록되었다. 이익의 성호사설을 통하여 당시 士人의 의약에 대한 의식을 선명히 볼 수 있다. 조선의 의료는 당시의 낮은 생산 수준과 밀접한 관련이 있다. 국가적 차원에서는 의학적 수준을 높이고 질 높은 醫生을 양성하고 있었지만 민간에서는 무지한 의원이 의료를 그르치고 있었다. 이와 같은 사회에서는 의료허무주의와 醫藥無用論과 운명론이 팽배할 수밖에 없다. 이익은 ｢醫藥｣·｢醫｣·｢庸醫殺人｣에서 운명론과 의약무용론을 반박하고 의료에 대한 부정적 인식은 약을 올바로 쓰지 못하는 돌팔이 의원에게 원인이 있다고 설명하였다. 또 약은 환경·식습관·체질·체력 등에 의하여 효과의 유무가 갈리기 때문에 醫藥無用論을 주장해서는 안 된다고 주장하였다.
이익은 醫書를 통하여 본초학과 의학적 지식을 습득하였을 뿐만 아니라 의서의 장단점까지 분석하는 단계까지 나아갔다. 이익은 ｢本草｣에서 의서의 문제점에 대한 자신의 견해를 피력하였으며 우리나라의 가장 우수한 의서로 손꼽히는 동의보감의 장단점에 대해서도 냉정한 평가를 하였다. 또 서양인의 의학에 대해서도 관심을 갖고 있었다.
이익은 ｢五臟圖｣에서 의술이 인간을 질병의 고통으로부터 구제하고 생명을 연장하게 하는 중요한 기술이지만 그것이 윤리 도덕과 모순을 일으킬 때는 윤리 도덕을 우선시해야 한다고 주장하였다. 그러나 어떤 경우라도 윤리 도덕을 우선시 하는 원리주의도 반대하였다. 그는 ｢刲胯｣에서 윤리 도덕과 보편적·통상적 가치가 모순 충돌할 경우에는 보편적·통상적 가치를 기준으로 삼아 판단해야 한다고 주장하였다.
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