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논문 기본 정보

자료유형
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저자정보
저널정보
대한진단검사의학회 Annals of Laboratory Medicine Annals of Laboratory Medicine 제31권 제1호
발행연도
2011.1
수록면
37 - 43 (7page)

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Background: Single-nucleotide polymorphism (SNP) analysis is a powerful strategy for large-scale molecular population studies examining phylogenetic relationships among bacterial strains. Mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR) can be easily digitized to share data among laboratories. This study applied SNP and MIRU-VNTR analyses for molecular strain typing of Mycobacterium tuberculosis isolates collected throughout Korea. Methods: We studied 102 clinical M. tuberculosis isolates, including 6 paired strains, collected from 11 university hospitals in Korea in 2008 and 2009. SNPs were detected using hairpin primer assays, and then, MIRU-VNTR analysis was performed. Results: Thirty-five SNPs contained polymorphisms that helped differentiate the 96 tested isolates. The isolates were classified into 15 clusters. The Beijing family strains were distributed within closely related clusters in the SNP dendrogram. For MIRU-VNTR analysis, the 96 isolates were divided into 12 groups. The discriminatory index in 8 of these groups (MIRU-10, -23, -26, and -31; ETR-A, -B, -C, and -F) was high (Hunter–Gaston diversity index > 0.6). Unlike the SNP method, MIRU-VNTR analysis did not identify any notable localizations of Beijing or non-Beijing family isolates in specific clusters. Conclusions: SNP and MIRU-VNTR analyses are surrogate molecular strain-typing methods for M. tuberculosis in Korea where Beijing family isolates are predominant
#Mycobacterium tuberculosis #Single-nucleotide polymorphism #Mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats

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Barlow RE / 2001 / Comparison of variable number tandem repeat and IS6110-restriction fragment length polymorphism analyses for discrimination of high- and low-copy-number IS google schola Cole ST / 1998 / Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence / Nature 393 : 537 ~ 544 google schola Filliol I / 2006 / Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic google schola Fleischmann RD / 2002 / Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains / J Bacteriol 184 : 5479 ~ 5490 google schola Frothingham R / 1998 / Genetic diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex based on variable numbers of tandem DNA repeats / Microbiology 144 (5) : 1189 ~ 1196 google schola

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