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논문 기본 정보

자료유형
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저널정보
한국자기공명학회 Journal of the Korean Magnetic Resonance Society Journal of the Korean Magnetic Resonance Society 제18권 제1호
발행연도
2014.1
수록면
24 - 29 (6page)

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Atomistic molecular dynamics (MD) simulation has become mature enabling close approximation of the real behaviors of biomolecules. In biomolecular NMR field, atomistic MD simulation coupled with generalized implicit solvent model (GBIS) has contributed to improving the qualities of NMR structures in the refinement stage with experimental restraints. Here all-atom force fields play important roles in defining the optimal positions between atoms and angles, resulting in more precise and accurate structures. Despite successful applications in refining NMR structure, however, the research that has studied the influence of force fields in GBIS is limited. In this study, we compared the qualities of NMR structures of two model proteins, ubiquitin and GB1, under a series of AMBER force fields¾ff99SB, ff99SB-ILDN, ff99SB-NMR, ff12SB, and ff13¾with experimental restraints. The root mean square deviations of backbone atoms and packing scores that reflect the apparent structural qualities were almost indistinguishable except ff13. Qualitative comparison of parameters, however, indicates that ff99SB-ILDN is more recommendable, at least in the cases of ubiquitin and GB1.
#Molecular dynamics #GBIS #AMBER force field #NMR #Structure

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