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Alternative splicing generates several interleukin-6 (IL-6) isoforms;for them an antagonistic activity to the wild-type IL-6has been proposed. In this study we quantified the relative abundance of IL-6 mRNA isoforms in a panel of mouse tissues and in C2C12 cells during myoblast differentiation or after treatment with the Ca2+ ionophore A23187, the AMP-mimetic AICAR and TNF-α. The two mouse IL-6 isoforms identified,IL-6δ5 (deletion of the first 58 bp of exon 5) and IL-6δ3(lacking exon 3), were not conserved in rat and human, did not exhibit tissue specific regulation, were expressed at low levels and their abundance closely correlated to that of full-length IL-6. Species-specific features of the IL-6 sequence,such as the presence of competitive 3’ acceptor site in exon 5and insertion of retrotransposable elements in intron 3, could explain the production of IL-6δ5 and IL-6δ3. Our results argued against biological significance for mouse IL-6 isoforms. [BMB reports 2012; 45(1): 32-37]

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