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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 제41권 제6호
- 발행연도
- 2014.6
- 수록면
- 397 - 406 (10page)
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본 논문에서는 병렬 컴퓨팅 가속화를 통한 웹기반 단백질 열 안정성 분석 시스템을 제시한다. 이 시스템은 단백질의 열안정성 분석을 위한 것으로 종래의 PSA 시스템의 문제점인 방대한 계산량에 의한 오랜 처리시간 문제를 해결하기 위하여 병렬처리 기법을 도입하였다. 적용된 병렬처리 방법은 이기종 아키텍처에 기반을 둔 것으로 쿠다(CUDA)기반의 GPU(Graphic Processing Unit) 및 인텔의 MIC(Many Integrated Core), OpenMP 기반의 멀티코어 CPU를 이용하여 멀티 GPU를 지원하는 PSA-mGPU 및 PSAMIC 시스템을 개발하였다. 기존 PSA 시스템과의 성능 비교를 위해 질병 관련 단백질 서열을 바탕으로 인위적인 돌연변이를 제작하여 실험 데이터로 사용하였으며 시스템의 파라미터 변수인 온도 간격 및 단백질 서열 개수에 따른 성능을 시험하였다. 실험을 통해 병렬 처리에 기반한 방법이 성능을 향상시킬 수 있음을 확인하였으며 특히, 멀티 GPU를 이용한 방법의 경우에는 기존 시스템 대비 16～220배의 속도 향상을 보여주었다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. PSA 가속화 시스템
3. 성능 분석
4. 결론
References
참고문헌 (21)
참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - R. Jaenicke / 1991 / Protein Stability and Molecular Adaptation to Extreme Conditons / European Journal of Biochemistry 202 (6) : 715 ~ 728
2. [학술지(정기간행물)] - G. Vogt / 1997 / Protein Thermal Stability, Hydrogen Bonds, and Ion Pairs / Journal of Molecular Biology 269 (4) : 631 ~ 643
3. [학술지(정기간행물)] - B.I. Dahiyat / 1999 / In Silico Design for Protein Stabilization / Current opinion in biotechnology 10 (4) : 387 ~ 390
4. [학술지(정기간행물)] - B.I. Dahiyat / 1996 / Protein Design Automation / Protein Science 5 (5) : 895 ~ 903
5. [학술지(정기간행물)] - S.M. Malakauskas / 1998 / Design, Structure and Stability of a Hyperthermophilic Protein Variant / Nature Structural Biology 5 (6) : 470 ~ 475
2. [학술지(정기간행물)] - G. Vogt / 1997 / Protein Thermal Stability, Hydrogen Bonds, and Ion Pairs / Journal of Molecular Biology 269 (4) : 631 ~ 643
3. [학술지(정기간행물)] - B.I. Dahiyat / 1999 / In Silico Design for Protein Stabilization / Current opinion in biotechnology 10 (4) : 387 ~ 390
4. [학술지(정기간행물)] - B.I. Dahiyat / 1996 / Protein Design Automation / Protein Science 5 (5) : 895 ~ 903
5. [학술지(정기간행물)] - S.M. Malakauskas / 1998 / Design, Structure and Stability of a Hyperthermophilic Protein Variant / Nature Structural Biology 5 (6) : 470 ~ 475
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