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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
김태호 (오사카대학교) 김의용 (인제의대) 주현 (인제의대)
저널정보
한국생물공학회 KSBB Journal KSBB Journal 제26권 제2호
발행연도
2011.4
수록면
131 - 138 (8page)

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Some computational approaches are needed for clarifying RNAi sequences, because it takes much time and endeavor that almost of RNAi sequences are verified by experimental data. Incorrectness of RNAi mechanism and other unaware factors in organism system are frequently faced with questions regarding potential use of RNAi as therapeutic applications. Our massive parallelized pair alignment scoring between dsRNA in Genebank and expressed sequence tags (ESTs) in Caenorhabditis elegans Genome Sequencing Projects revealed that this provides a useful tool for the prediction of RNAi induced cosuppression details for practical use. This pair alignment scoring method using high performance computing exhibited some possibility that numerous unwanted gene silencing and cosuppression exist even at high matching scores each other. The classifying the relative higher matching score of them based on GO (Gene Ontology) system could present mapping dsRNA of C. elegans and functional roles in an applied system. Our prediction also exhibited that more than 78% of the predicted co-suppressible genes are located in the ribosomal spot of C. elegans.
#RNA interference (RNAi) #Expressed Sequence Tag (EST) #in silico Biology #Multiple Sequence Alignment #Cosuppression #dsRNA #Caenorhabditis elegans

목차

Abstract
1. 서론
2. 재료 및 방법
3. 결과 및 고찰
4. 결론
References

참고문헌 (32)

참고문헌 신청
Sijen, T / 2001 / Transcriptional and posttranscriptional gene silencing are mechanistically related / Curr. Biol 11:436~440 google schola Fire, A / 1998 / Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans / Nature 391:806~811 google schola Hammond, S. M. / 2001 / Posttranscriptional Gene Silencing by Double-stranded RNA / Nature Rev. Gen 2:110~119 google schola Montgomery, M. K / 1998 / RNA as a target of double-stranded RNA-mediated genetic interference in Caenorhabditis elegans / Proc. Natl. Acad. Sci 95:15502~15507 google schola Ashrafi, K / 2003 / Genome-wide RNAi analysis of Caenorhabditis elegans fat regulatory genes / Nature 421:268~272 google schola

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