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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
이헌규 (한국전자통신연구원) 신용호 (영남대학교)
저널정보
한국산업정보학회 한국산업정보학회논문지 한국산업정보학회논문지 제17권 제6호
발행연도
2012.12
수록면
59 - 72 (14page)

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단백질은 서열의 disorder 구역이 생물학적 반응을 일으켜 order로 변하는 과정에서 그 기능을 하게 되므로 서열 데이터에서 disorder 구역과 order 구역을 분리하는 것은 단백질의 3차 구조 및 특성을 예측하는데 반드시 필요하다. 따라서 이 논문에서는 효율적인 disorder와 order 구역 분류를 위해서 단백질의 특정 특징에 치우치지 않는 분류 결과를 얻으면서, 분류 속도를 향상 시킬 수 있도록 서열 데이터를 이용한 분류/예측 기법을 제안한다. 출현패턴 기반의 EPs-TFP 기법은 중복 출현패턴이 제거된 필수 출현패턴만을 이용하는 분류/예측 기법이다. 이 분류 기법은 disorder 구역의 서열 출현패턴들을 발견하며, 이러한 서열 출현패턴은 disorder 구역에서는 빈발하지만 order 구역에서는 상대적으로 빈발하지 않는 패턴들이다. 또한 제안 알고리즘의 성능 향상을 위해서 기존의 P-tree, T-tree 개념의 TFP 기법을 확장하여 분류/예측 기법으로 적용하였다. EPs-TFP 기법의 성능평가를 위해서 Disprot 4.9와 CASP 7 데이터를 활용하였고, disorder/order 구역을 분류한 결과, 민감도 73.6, 특이도 69.5, 정확도 74.2를 보였다.
#출현패턴 #TFP-트리 #단백질 Disorder/Order 구역 #데이터 마이닝 #Emerging Patterns #TFP-tree #Protein Disorder/Order region

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. Disorder 구역 예측을 위한 EPs-TFP
3. eEPs를 이용한 Disorder 구역 분류
4. 실험평가
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (28)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - J.F. Gibrat / 1996 / Surprising similarities in structure comparison / Curr. Opin. Struct. Biol 6 : 377 ~ 385 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - S. Maslov / 2006 / Specificity and stability in topology of protein networks / Science 296 : 910 ~ 913 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - F. Ferron / 2006 / A practical overview of protein disorder prediction methods / Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 5 : 1 ~ 14 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - DT. Jones / 2003 / Prediction of disordered regions in proteins from position specific score matrices / Proteins 53 : 573 ~ 578 google schola 6. [학술지(정기간행물)] - K. Peng / 2006 / Length dependent prediction of protein intrinsic disorder / BMC Bioinformatics 7 google schola

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