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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2012.6
- 수록면
- 794 - 804 (11page)
이용수
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단백질 분자에 대해 공간 상의 한 점으로부터의 최소 거리를 계산하거나, 임의의 점에 대한 충돌을 감지하는 등의 proximity query는 분자에 대한 기하학적 연산을 수행하기 위해 매우 중요한 기본 연산이다. Proximity query의 계산 시간 효율성은 분자가 어떤 자료구조로 표현되는가에 따라 크게 달라질 수 있다. 본 논문에서는 GPU 가속을 이용하여 효율적으로 proximity 연산을 수행하기 위한 기법을 제안하고자 한다. 분자에 대응하는 구의 집합에 대해 복셀 맵 (voxel map)과 스피어 트리 (sphere tree) 를 사용한 자료구조를 제안하며 각 자료구조에 대응되는 알고리즘을 제시한다. 또한, 1,000개~15,000개의 원자를 포함하는 분자에 대한 실험을 통해 두 자료구조의 성능이 기존 자료구조에 비해 최소 3배에서 최대 633배 향상되었음을 보인다.
목차
요약
ABSTRACT
1. 서론
2. 복셀 맵 구조의 분자 표현
3. 스피어 트리 구조의 분자 표현
4. 실험 결과
5. 결론
참고문헌
참고문헌 (11)
참고문헌 신청
T. J. A. Ewing / 2001 / DOCK4.0: Search Strategies for Automated Molecular Docking of Flexible Molecule Databases / Journal of Computer- Aided Molecular Design 15(5):411~428
S. K. Lai-Yuen / 2006 / Computer-Aided Design and Applications / Computer-Aided Design and Applications 3(6):701~709
D. Levine / 1997 / Stalk: an Interactive System for Virtual Molecular Docking / IEEE Computational Science and Engineering 4(2):55~65
H. Nagata / 2002 / Concept and Prototype of Protein-Ligand Docking Simulator with Force Feedback Technology / Bioinformatics 18(1):140~146
R. D. Taylor / 2002 / A Review of Protein-Small Molecule Docking Methods / Journal of Computer-Aided Molecular Design 16(3):151~166
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R. D. Taylor / 2002 / A Review of Protein-Small Molecule Docking Methods / Journal of Computer-Aided Molecular Design 16(3):151~166
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