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박민서 (삼성SDS) 김우연 (삼성SDS) 김판규 (삼성SDS)
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Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제39권 제1호
발행연도
2012.2
수록면
30 - 36 (7page)

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지놈 브라우저는 유전체 참조서열에 정렬된 다양한 종류의 데이터와 정보를 시각적으로 보여주는 가시화 도구이다. 차세대 시퀀싱 기술을 이용하여 생산되는 서열의 양이 증가함에 따라, 유전학적 데이터 분석을 위해서 많은 시간을 소비하게 되며, 시각적인 가시화 도구가 없이는 분석에 많은 어려움이 따른다. 현재 가장 널리 사용되는 브라우저중 하나는 GBrowse(Genetic Genome Browser)이다. GBrowse는 GFF(Generic Feature Format) 데이터베이스와 염기서열을 저장하는 파일형식인 SAM(Sequence Alignment/Map)파일로 구성된다. 하지만, 유전자 시퀸싱이 일반화되고 그 양이 증가함에 따라, 많은 양의 짧은 단편서열을 파일시스템으로 관리하는 것보다 지놈 브라우저에 알맞은 새로운 데이터베이스 설계를 활용하는 것이 요구된다. 본 연구에서는 데이터 저장 공간을 줄이고, 큰 용량의 유전체 데이터를 지놈 브라우저에 빨리 전달하고 명확한 가시화를 제공하기 위해 설계한 데이터베이스 구조를 제안한다. 제안한 데이터베이스는 줌 레벨을 고려하고, IOT(Index Organized Tables)와 파티션 기법 및 아스키코드에 기반한다.
#지놈 브라우저 #데이터베이스 #차세대 시퀀싱 #단편 서열 #서열 정렬 #Genome Browser #Database #Next Generation Sequencing #Short Read #Sequence Alignment

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 방법론 : 단편서열의 효율적인 가시화를 위한 데이터베이스 설계
3. 실험 및 결과
4. 결론
참고문헌

참고문헌 (15)

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1. [학술지(정기간행물)] - J. Shendure / 2008 / Next-generation DNA sequencing / Nature biotechnology 26 : 1135 ~ 1145 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - C. Hutchison / 2007 / DNA sequencing : bench to bedside and beyond / Nucleic Acids Res. 35 : 6227 ~ 6237 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - A. Maxam / 1977 / A new method for sequencing DNA / Proc. Natl. Acad. Sci. 74 (2) : 560 ~ 564 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - F. Sanger / 1988 / Sequences, sequences, and sequences / Annu. Rev. Biochem. 57 : 1 ~ 28 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - E. Lander / 2001 / Initial sequencing and analysis of the human genome / Nature 409 (6822) : 860 ~ 921 google schola

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