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저자정보
Seung-hwan Lee (Silla University) Choong-shik Park (Youngdong University) Kwang-baek Kim (Silla University)
저널정보
한국지능정보시스템학회 한국지능정보시스템학회 학술대회논문집 한국지능정보시스템학회 2007년 춘계학술대회 논문집
발행연도
2007.5
수록면
341 - 350 (10page)

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DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 분자 생물학 분야에서 단백질과 핵산 서열들의 분석에서 중요한 방법이다. 생물학적인 염기 서열들은 그들 사이의 유사성과 차이점을 나타내기 위해 정렬된다. 본 논문에서는 기존의 DNA 염가 서열 배치 방법을 개선하기 위하여 DP(Dynamic Programming) 알고리즘의 비용증가(O (㎚)) 문제를 해결하는 Quadrant 방법과 품질 정보 및 퍼지 추론 시스템(fuzzy inference system)을 적용한 DNA 염기서열 배치 알고리즘을 제안한다. 본 논문에서 제안한 DNA 염기 서열 배치 알고리즘은 Quadrant 방법을 적용하여 Needleman-Wunsch의 DP 기반 알고리즘에서의 행렬 생성 단계에서 발생하는 불필요한 정렬 계산을 제거하여 전체 수행 시간을 단축하고, 각 DNA 염기 서열 단편 각각의 길이 차이와 낮은 품질의 DNA 염기 빈도를 퍼지 추론 시스템에 적용하여 지능적으로 갭 비용(gap cost)을 동적으로 조정한다. 제안된 알고리즘의 성능 평가를 위해 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 실제 유전체 데이터로 성능을 분석한 결과, 제안된 알고리즘이 기존의 품질정보만을 이용한 알고리즘보다 개선된 것을 확인하였다.
#품질 정보(quality information) #갭 비용(gap cost) #동적 프로그래밍(dynamic programming) #퍼지 추론 시스템(fuzzy inference system) #Quadrant

목차

Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 제안된 DNA 염기 서열 배치 알고리즘
4. 실험 및 결과 분석
5. 결론
참고문헌

참고문헌 (0)

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