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논문 기본 정보

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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 제36권 제1호
발행연도
2009.2
수록면
1 - 8 (8page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2009

올리고뉴클레오타이드 제작을 위해 효율적이고 차별적인 시드를 고르는 방법에 대한 고찰
정원형 ,  박성배 정보과학회논문지 : 시스템 및 이론 2009.02 학술저널

2008

올리고뉴클레오타이드 제작을 위해 효율적이고 차별적인 씨드를 고르는 방법에 대한 고찰
정원형 ,  윤희근 ,  박성배 한국정보과학회 학술발표논문집 2008.06 학술대회자료

초록· 키워드

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생물정보분야에서 올리고뉴클레오타이드(oligonucleotide)를 제작하는 문제는 시간을 많이 소모하는 문제이다. 이 문제를 해결하기 위하여 해시를 이용한 가속계산이 주로 쓰이고 있고 BLAST란 프로그램이 대표적으로 생물정보분야에서 사용되고 있다. BLAST류의 프로그램들은 DNA서열의 특성에 따라 시드를 변형하여 해시를 개선하는 알고리즘을 적용하여 서열간의 유사도가 높은 부분을 찾는다. 그러나 이 프로그램들은 원래 올리고뉴클레오타이드 제작을 위해서가 아닌 지역정렬 문제를 해결하기 위한 방법들로써 발전하여 왔으므로 본 문제에 효율적인가에 대한 검증이 아직까지 이루어지지 않았다. 우리는 BLAST류의 프로그램에서 사용된 시드(seed)들이 올리고뉴클레오타이드 제작에 효과적인가를 판단할 수 있는 효율적이고 차별적인 잣대를 제시하고 이에 따라 다섯 종류의 대표적인 시드를 평가하였다. 평가에서 spaced seed라는 시드가 가장 좋은 결과를 보임을 정량적으로 계산할 수 있었다.
#올리고뉴클레오타이드 #프로브 #해시 #시드 #생물정보 #블라스트 #oligonucleotide #probe #hash #seed #bioinformatics #BLAST

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 문제 정의
3. 실험
4. 결과
5. 결론 및 향후과제
참고문헌

참고문헌 (13)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Thompson,J.D / 1994 / CLUSTALW: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice / Nucleic Acids Res 22 : 4673 ~ 4680 google schola 2. [단행본] - Gusfield,D / 1997 / Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology / Cambridge University Press google schola 3. [학술지(정기간행물)] - Altschul,S.F / 1990 / Basic local alignment search tool / J. Mol. Biol 215 : 403 ~ 410 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - Ma,B / 2002 / PatternHunter: faster and more sensitive homology search / Bioinformatics 18 (3) : 440 ~ 445 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - Brown,D.G / 2004 / A TUTORIAL OF RECENT DEVELOPMENTS IN THE SEEDING OF LOCAL ALIGNMENT / J. BioInfo. Comp. Biol 2 (4) : 819 ~ 842 google schola

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