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Korean Institute of Information Scientists and Engineers 한국정보과학회 학술발표논문집 한국정보과학회 2008 가을 학술발표논문집 제35권 제2호(B)
발행연도
2008.10
수록면
496 - 500 (5page)

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탠덤 질량분석 방법은 펩타이드의 서열을 알아내기 위해 사용하는 방법으로 주어진 펩타이드에 대해 탠덤 질량 스펙트럼을 찍은 다음 이 탠덤 질량 스펙트럼을 분석하여 주어진 펩타이드의 아미노산 서열을 찾아내는 방법이다. 탠덤 질량 스펙트럼을 분석하기 위해 가장 널리 쓰이고 프로그램 중의 하나가 SEQUEST인데, 이 프로그램은 펩타이드 서열 데이터베이스에 있는 모든 서열에 대해 가상스펙트럼을 만들고, 이들을 실험에서 얻어진 실험스펙트럼과 비교하여 실험스펙트럼과 가장 비슷한 가상스펙트럼을 생성하는 펩타이드 서열을 찾는다. 실험스펙트럼과 가상스펙트럼을 비교하는 과정에서 SEQUEST는 Cross-correlation 연산을 사용하는데 이 연산은 시간이 상당히 많이 걸리는 연산이며 SEQUEST에서 선형시간에 수행되지 않는 유일한 부분이다. 현재 알려진 방법 중 가장 빠르게 Cross-correlation을 계산하는 방법은 FFT를 이용하여 계산하는 방법이며 이 방법은 ⊙(nlogn) 시간이 걸리는 방법이다. 본 논문에서는 Cross-correlation 을 ⊙(n) 시간에 수행하는 알고리즘을 제안한다. 이 방법을 사용하면 SEQUEST 전체가 선형시간에 수행되며 실제 성능비교를 위해 질량이 500-2000 DA 사이의 질량 스펙트럼에 대해서 본 논문에서 제안하는 방법과 기존의 FFT 방법을 비교해 본 결과 본 논문의 방법이 기존의 방법에 비해 14-18 배 빠르게 수행됨을 확인하였다.

목차

요약
1. 서론
2. 관련연구
3. 선형시간 알고리즘
4. 실험결과
5. 결론
6. 참고문헌

참고문헌 (0)

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이명화 ,  조호성 ,  박형서 외 2명 한국정보과학회 학술발표논문집 2012 .11
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