한 쌍의 R16-1과 R23-2R primer를 이용한 PCR에 의해 증폭된 16S와 23S rDNA 사이의 rDNA spacer 부위의 다형성들이 Pseudomonas avenae, P. glumae P. fuscovaginae, P. syringae pv. syringae, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, X. oryzae pv. oryzicola 및 Eriwinia herbicola 등 벼 종자전염성 51개 균주의 구분을 위하여 적용되었다. 증폭산물은 820~950 bp의 크기였으며, 각각의 종에 특이적이었고 구분이 가능하였다. Pseudomonas species의 증폭산물은 P. avenae는 950 bp, P. glumae는 850 bp, P. fuscovaginae는 770 bp 및 P. syringae pv. syringae는 1,240, 1,100 및 820 bp로 특이적이었다. P. avenae와 P. glumae의 국내균주들은 다형성에 있어 종내 변이는 없었다. X oryzae pv. oryzae의 860 bp와 X. oryzae pv. oryzicola의 880 bp의 1차 산물 및 X. oryzae pv. oryzicola의 890, 440 및 370 bp의 이차산물에서 Xanthomonas species의 종내에서 균주에 관련없이 단일화된 다형성을 보였다. CXO 211을 제외한 모든 국내 균주는 a형에 속한 반면 하나의 국내 균주를 포함하여 4개 균주는 b형이었다. E. herbicola의 spacer 부위 증폭은 여러 개의 band를 보였으며, 증폭상은 각각 동일하였고, strain간의 종내 변이는 없었다. 본 실험 결과에 의하여 16S와 23S rDNA에 R16-1과 R23-2R primer를 이용하여 PCR 증폭된 spacer 다형성의 구별은 종자전염성 세균의 신속한 구별에 이용될 수 있을 것이다.
Polymorphisms of ribosomal DNA (rDNA) spacer region between 168 and 23S rDNA amplified by polymerase chain reaction (PCR) with a single set of primers R16-1 and R23-2R were applied for the differentiation of rice seedborne bacteria (fifty-one strains of Pseudomonas avenae, P. glumae, P. fuscovaginae, P. syringae pv. syringae, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, X. oryzae pv. oryzicola and Erwinia herbicola isolated from rice seeds). The amplified products ranged about 820~950 bp in size, were specific to the bacterial species, and had differentiable polymorphisms. The amplified products specific to Pseudomonas species were 950 bp for P. avenae, 850 bp for P. glumae, 770 bp for P. fuscovaginae, and 1,240 bp, 1,100 bp and 820 bp for P. syringae pv. syringae. There was no intraspecies diversity in the polymorphism among the Korean isolates of P. glumae and P. avenae. In Xanthomonas species, a single unifying feature of polymorphism was produced, regardless of the isolates in a species with the primary bands of 860 bp in X. oryzae pv. oryzae and 880 bp in X. oryzae pv, oryzicola and additional secondary products at 890 bp, 440 bp and 370 bp in X. oryzae pv, oryzicola. All of the Korean strains except CXO211 belonged to type a, while four strains including only one Korean strain were designated as type b. Amplification of the 16S~23S spacer region of E. herbicola strains produced multiple bands, their band profiles were homogeneous, and there were no intraspecies variations among the strains. On the basis of the results, the differentiation of PCR-amplified spacer polymorphisms by using the R16-1 and 23-2R primers to 16S and 23S rDNA may be used for the rapid differentiation of seedborne bacteria of rice.