BSML 기반 능동 트리거 규칙을 이용한 염기서열정보관리시스템의 구현

박성희; 정광수; 류근호

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자료유형: 학술저널

저자정보: 박성희 정광수 류근호

저널정보: Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제32권 제1호

발행연도: 2005.2

수록면: 24 - 42 (19page)

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유전체 서열을 포함하는 생물정보는 지속적으로 변화하며 이질적이고 다양하다는 특성을 갖는다. 이러한 생물 정보의 특성을 반영한 관리시스템이 요구되지만 현재 대부분의 기존 생물정보 데이타베이스는 생물 데이타에 대한 저장소로만 이용된다. 따라서 이 논문에서는 생물학 연구실 수준에서 시퀸싱 실험을 통해 생산되거나 다양한 공개용 데이타베이스로부터 수집된 염기 서열 데이타를 파일 포맷 변환, 편집, 저장 및 검색을 수행하는 서열정보관리 시스템을 제시한다. 이질적인 서열 포맷간의 파일 변환을 위하여 XML기반 BSML을 공통 포맷으로 이용한다. 서열 저장관리에서는 동일한 DNA 조각에 대한 서열 구성의 변경정보를 저장하기 위해 서열 버전을 정의하고 능동 트리거 규칙을 이용하여 변경 정보 검출 및 생성 방법을 보여준다. 트리거 기능을 이용하여 서열의 변경 정보를 자동적으로 데이타베이스에서 저장관리 할 수 있음을 보이고 성능을 평가하였다.

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[학술지(정기간행물)] - / 2003 / A Protein Structural Information Management Based on Spatial Concepts and Active Trigger Rules : 413 ~ 422

[학술지(정기간행물)] - / 2003.6 / Version Management of a genomic sequence database using active rules and temporal concepts

[학술지(정기간행물)] - / 2002 / Sequence Version Management System based on Trigger 1 : 134 ~ 141

[학술지(정기간행물)] - / 2001 / The NCBI data model. Chapter 2 in Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins

[학술지(정기간행물)] - / 2000 / Fundamentals of Database Systems

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